Третьи «Балтийские сезоны» проводились в честь 60-летия образования Калининградской области и состоялись в период с сентября по ноябрь 2006 года. В фестивале приняли участие: Государственный академический Большой симфонический оркестр имени П.И. Чайковского под управлением Владимира Федосеева, пианист Денис Мацуев, Российский государственный академический Большой драматический театр  имени Г.А. Товстоногова, Грузинский государственный театр имени Шота Руставели, Евгений Гришковец и Александр Цекало, певицы Шэрин Даун, Шенда Рул, Нефертари Бэй (США), трубач Валерий ПОНОМАРЕВ (США) и группа «Новые посланники джаза», проект братьев Ивановых DJ-Mix «MAGIC MUSHROOMS», Государственный академический Малый театр России, Государственный академический Центральный театр кукол имени С.В. Образцова, Камерный ансамбль «Солисты Москвы» под руководством Юрия Башмета, Московский драматический театр имени А.С. Пушкина и Российский государственный театр «Сатирикон» имени Аркадия Райкина, Государственный академический ансамбль народного танца под руководством  Игоря Моисеева, Санкт-Петербургский государственный академический театр Балета под руководством Бориса Эйфмана, Московский театр «Ленком» и Российский государственный академический камерный «Вивальди-оркестр» под руководством Светланы Безродной;