Создан в 1898 г. К. С. Станиславским и Вл. И. Немировичем-Данченко под названием Московский Художественный театр (МХТ), с 1919 г. — академический (МХАТ). Открылся 14 октября 1898 спектаклем «Царь Фёдор Иоаннович» А. К. Толстого в здании театра «Эрмитаж» (Каретный ряд, 3). С 1902 располагается в Камергерском переулке, в здании бывшего Лианозовского театра (архитектор Ф. О. Шехтель). Это здание – дар театру от легендарного мецената Саввы Морозова. Началом Художественного театра считают встречу его основателей Константина Сергеевича Станиславского и Владимира Ивановича Немировича-Данченко в ресторане «Славянский базар» 19 июня 1897 года. Ядро труппы составили воспитанники драматического отделения Музыкально-драматического училища Московского филармонического общества, где актёрское мастерство преподавал Вл. И. Немирович-Данченко и участники спектаклей руководимого К. С. Станиславским Общества любителей искусства и литературы. Подлинное рождение МХТ связано с драматургией А. П. Чехова («Чайка», 1898; «Дядя Ваня», 1899; «Три сестры», 1901; «Вишнёвый сад», 1904) и М. Горького («Мещане» и «На дне» — 1902). В работе над этими спектаклями сформировался новый тип актёра, тонко передающего особенности психологии героя, сложились принципы режиссуры, добивающейся актёрского ансамбля, создания общей атмосферы действия. Московский Художественный театр — первый в России театр, осуществивший реформу репертуара, создавший собственный круг тем и живший последовательной их разработкой от спектакля к спектаклю. С 1912 при МХТ для подготовки актёров в принципах мхатовской школы стали создаваться студии. В 1943 году при Художественном театре открыт театральный вуз — Школа-студия МХАТ имени Вл. И. Немировича-Данченко.

Несмотря на отдельные удачи, в 1960-х гг. театр находился в кризисе. В репертуар всё чаще включались пьесы-однодневки, не безболезненно проходила смена поколений.  Желание выйти из кризиса побудило старейших актёров МХАТ пригласить в 1970 в качестве главного режиссёра воспитанника Школы-студии МХАТ О. Н. Ефремова, сумевшего в 70-х гг. вдохнуть новую жизнь в театр. Но постоянно разраставшуюся труппу становилось трудно объединить. Необходимость предоставлять работу актёрам вела к компромиссам и в выборе пьес, и в назначении режиссёров, что приводило в свою очередь к появлению явно проходных работ. В 80-х гг. был поставлен ряд значительных спектаклей крупными режиссёрами — А. В. Эфросом, Л. А. Додиным, М. Г. Розовским, К. М. Гинкасом, но общей творческой программы в театре не было. Разлад в театре привёл к конфликту. В 1987 коллектив разделился на две самостоятельные труппы: под художественным руководством Ефремова (с 1989 Московский Художественный академический театр имени А. П. Чехова; Камергерский переулок, 3) и Дорониной (Московский Художественный академический театр имени М. Горького; Тверской бульвар, 22).

После смерти О. Ефремова в 2000 г. художественным руководителем МХАТ им. А. П. Чехова становится Олег Табаков, взявший курс на обновление репертуара, ставки сделаны как на классические произведения мировой драматургии, так и на современную отечественную и зарубежную драматургию. К созданию спектаклей привлекаются лучшие силы современной режиссуры. В 2001 году была открыта третья — Новая — сцена театра, предназначенная специально для экспериментальных постановок. В 2004 году театр вернулся к первоначальному названию — Московский Художественный театр (МХТ), исключив из наименования слово Академический.

Весной 2018 г., после ухода из жизни О. П. Табакова, Художественный театр возглавил Сергей Женовач.