Юрий Николаевич Бутусов родился 24 сентября 1961 года в городе Гатчина (Ленинградская область).
Окончил судостроительный институт, затем режиссерский факультет Санкт-Петербургской академии театрального искусства (курс И.Б. Малочевской). Еще в студенческие годы обратил на себя внимание критиков и зрителей, а его дипломный спектакль «В ожидании Годо» был отмечен призом за режиссуру на петербургском фестивале «Рождественский парад».

Работал в театре Ленсовета, театре на Литейном, в Александринском театре, театре «Сатирикон», театре п/р О. Табакова, театре имени Евг. Вахтангова, театре имени А.С. Пушкина. Также ставил заграницей – в Южной Корее, Норвегии, Болгарии.

С 2011 по 2017 год был главным режиссером, а с 2017 по 2018 год художественным руководителем петербургского театра имени Ленсовета. Преподавал в СПбГАТИ и ГИТИСе.

Удостоен пяти премий: «Золотая маска», «Золотой софит», Международной премии Станиславского, «Хрустальная Турандот», «Чайка», «Звезда Театрала».

С 2018 года – главный режиссер Театра имени Евг. Вахтангова.